Dann vielleicht so:
Regionalliga Nord (Niedersachsen, Bremen, Hamburg, Schleswig-Holstein)
Regionalliga Ost (Berlin, Brandenburg, Mecklenburg-Vorpommern, Sachsen, Sachsen-Anhalt)
Regionalliga Mitte (Saarland, Rheinland-Pfalz, Hessen, Thüringen)
Regionalliga Nordrhein-Westfalen
Regionalliga Baden Württemberg
Regionalliga Bayern
Das würde der Bevölkerungsgröße und Zahl der Mannschaften in den jeweiligen in etwa entsprechen. Die zweiten Mannschaften würde ich dabei komplett rausnehmen und in einem eigenen Ligensystem spielen lassen.